Sin embargo, su decisión de abandonar la Iglesia Católica Romana para unirse a la Iglesia Nacional Polaca Católica (PNCC) ha generado controversia. Muchos se preguntan si esta elección fue motivada por un deseo de libertad espiritual o por la búsqueda de un ministerio menos rígido. Kotas ha explicado que su intención no es desmerecer la fe, sino hacerla más comprensible y cercana a la realidad de las personas, especialmente a los jóvenes.